
***
Niedawno wielu przedsiębiorców – w tym liczne podmioty lecznicze – otrzymało automatyczną wiadomość z adresu powiadomienia.jpk@mf.gov.pl dotyczące wdrożenia Krajowego Systemu elektronicznych Faktur (KSeF). Jednak wdrożenie KSeF w podmiotach leczniczych jest wyzwaniem wciąż chyba bagatelizowanym. Choć komunikat nie zawierał nowych, rewolucyjnych informacji, to przypomniał o czymś, co w ochronie zdrowia bywa odkładane „na później”: terminy są znane i są blisko, a przygotowanie do KSeF w sektorze medycznym może być bardziej wymagające niż w wielu innych branżach.
Piątkowy komunikat Ministerstwa Finansów ponownie uświadomił przedsiębiorcom, że czas na realne przygotowania do Krajowego Systemu e-Faktur za chwilę się skończy. Podmioty lecznicze otrzymały te same ogólne informacje co reszta rynku, jednak ich sytuacja jest zdecydowanie bardziej skomplikowana, wieloźródłowa i podatna na ryzyka operacyjne.
Terminy KSeF
Komunikat MF wskazuje dawno już znane terminy obowiązkowego wdrożenia KSeF. W tym m.in., że:
- od 1 lutego 2026 r. – KSeF obowiązkowy dla firm z obrotem powyżej 200 mln zł (dotyczy części dużych sieci medycznych),
- od 1 kwietnia 2026 r. – powszechny obowiązek wystawiania faktur w KSeF,
- a odbiór faktur zakupowych w KSeF jest wymagany dla wszystkich już od 1 lutego 2026 r.
Warto to powtórzyć jasno: funkcjonowanie KSeF w podmiotach leczniczych zacznie się praktycznie 1 lutego 2026 r., bo od tego dnia trzeba już odbierać wszystkie faktury od dostawców. A w ochronie zdrowia mogą być ich setki, jeśli nie tysiące miesięcznie.

KSeF w podmiotach leczniczych – dlaczego wdrożenie będzie trudniejsze?
Podmioty lecznicze funkcjonują w środowisku, w którym:
- podatek VAT bywa marginalnym zagadnieniem (z racji na zwolnienie z VAT dla usług medycznych część podmiotów nie wykazuje żadnej sprzedaży opodatkowanej, dla wielu sprzedaż opodatkowana VAT jest na niskim poziomie),
- działa wiele systemów (HIS – Szpitalne Systemy Informatyczne, systemy rejestracji, moduły rozliczeń, ewidencje magazynowe),
- dokumenty generują różne komórki organizacyjne,
- dostawców jest bardzo dużo (leki, wyroby medyczne, usługi medyczne, wszelakie media, usługi serwisowe, outsourcing, itd.),
- finanse są zależne od NFZ, ubezpieczycieli oraz pacjentów prywatnych.
To sprawia, że wdrożenie KSeF w podmiotach leczniczych nie jest prostą integracją techniczną. To może być zmiana kultury pracy i obiegu dokumentów.
Typowe problemy, które placówki medyczne muszą przewidzieć

Treść wiadomości z KAS w sprawie KSeF
1. Ogromne wolumeny faktur zakupowych
Branża medyczna to masowe zakupy. KSeF w podmiotach leczniczych oznacza konieczność uporządkowania i przebudowania obiegu dokumentów przychodzących – także tych od dostawców leków i sprzętu.
2. KSeF w podmiotach leczniczych – bezpieczeństwo danych
Placówki medyczne przetwarzają duże ilości danych wrażliwych. Jest to powód dlaczego integracja z KSeF musi być oceniana również pod kątem cyberbezpieczeństwa i RODO.
3. Chaos prawny i informacyjny dot. KSeF
Last but not least – chaos prawny i informacyjny. Co prawda pojawiają się oficjalne wyjaśnienia i Q&A dotyczące KSeF, ale coraz powszechniejsze są narzekania na „płynność” ich treści i brak prawnych podstaw. Zresztą błędy dot. choćby terminów KSeF znalazłem na stronie jednej z organizacji samorządowych w poradniku skierowanym do grupy osób wykonującej zawód medyczny.
Co zrobić już teraz? Najważniejsze kroki dla branży medycznej
1. Testy integracji w trybie „pełna para”
Na spokojny audyt systemów pod kątem gotowości do KSeF jest już zwyczajnie za późno. Obecnie kluczowe jest uruchomienie realnych testów integracji KSeF z HIS, systemem księgowym i oprogramowaniem pomocniczym. Nie wystarczy wiedzieć, że „producent pracuje nad integracją”. W końcówce 2025 r. każdy duży podmiot leczniczy powinien już:
testować wystawianie faktur w środowisku testowym KSeF,
testować odbiór faktur zakupowych,
weryfikować działanie różnych scenariuszy (korekty, duplikaty, błędy, dokumenty masowe),
sprawdzać obciążenie systemów i ich stabilność.
Brak rozpoczętych testów na tym etapie oznacza poważne ryzyko operacyjne.
2. Uporządkowanie ról i procesów
Ustalenie kto wystawia faktury? Kto je odbiera i weryfikuje? W placówkach medycznych to zwykle nie jest jasne. A w KSeF musi być.
3. Dopracować harmonogram wdrożenia KSeF w podmiotach leczniczych na 2025/2026
Przełom 2025 i 2026 to ostatni moment na testy. I jednocześnie jest to najgorszy możliwy moment na intensywne wdrażanie KSeF, bo:
trwa zamknięcie roku,
zespoły finansowe są tradycyjnie przeciążone,
ewentualne błędy mogą zaburzyć płynność działania całej placówki.
KSeF w podmiotach leczniczych to projekt strategiczny
KSeF nie jest kolejnym formularzem ani „techniczną nowinką”. W zasadzie każdej branży, w tym w branży medycznej, to zmiana, która obejdzie wszystkie działy – od recepcji po księgowość. Czy KSeF uda się wdrożyć w planowanych terminach? Niestety, tego nie wiem (obawiam się, że nie), ale KSeF musi być wdrożony wszędzie mniej więcej w tym samym czasie, żeby zachować sens tego rozwiązania. Dlatego prawdopodobnie nie będzie kolejnego odroczenia terminu jego wdrożenia. Szanse powstania chaosu w 2026 r. w związku z różnymi poziomami wdrożenia KSeF w poszczególnych branżach jest duże.

Historia, która stała się kanwą tego orzeczenia, może być dobrze znana wielu naszym czytelnikom. Wnioskodawczyni – po kilkudziesięciu latach prowadzenia działalności – zdecydowała się przejść na emeryturę. Zlikwidowała firmę, wykreśliła się z CEIDG i przekazała budynek, w którym prowadziła działalność (w tym przypadku hotel, ale analogia do przychodni, gabinetów czy aptek nasuwa się sama), do majątku prywatnego. Następnie rozpoczęła najem prywatny tej nieruchomości – w tym samym miejscu, jednak już jako osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej. Chciała potwierdzić w interpretacji indywidualnej, że przychody z najmu po likwidacji działalności może opodatkować
Sąd był innego zdania. Uchylił postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 25 maja 2025 r. (nr 0115-KDIT1.4011.9.2025.3.MK) odmawiające wydania interpretacji indywidualnej. Uznał, że organ podatkowy nie ma prawa ingerować w decyzje podatnika dotyczące własnego majątku, a samo przeniesienie mienia z działalności gospodarczej do majątku prywatnego nie jest jeszcze unikaniem opodatkowania. Ta historia może brzmieć znajomo dla wielu lekarzy, dentystów czy farmaceutów, którzy po przejściu na emeryturę zastanawiają się, co zrobić z przychodnią, gabinetem stomatologicznym czy apteką. Zakończenie działalności gospodarczej to naturalny etap aktywności każdego przedsiębiorcy. W praktyce wielu lekarzy decyduje się zachować lokal, w którym przez lata prowadzili praktykę, i wynajmować go innym medykom. Podobnie farmaceuci – kończą prowadzenie apteki, ale lokal pozostaje ich własnością.
Podczas letniej weekendowej
Do wyboru mamy kilka wersji ChatGPT. Najpopularniejsza – Plus – to wydatek około 23 EUR brutto miesięcznie. Bardziej zaawansowana wersja PRO to już koszt 229 EUR brutto miesięcznie na jedno stanowisko.
Przed ujęciem wydatku na narzędzia AI w ewidencji księgowa lub księgowy lekarza powinni sprawdzić:
Zacznę od kluczowej kwestii – czy zakup roweru na firmę można zaliczyć w całości do kosztów uzyskania przychodu (KUP)? Oczywiście, wydatki na rower czy rower elektryczny mogą stanowić koszt podatkowy, o ile są należycie udokumentowane i faktycznie związane z działalnością. Dla lekarzy, fizjoterapeutów czy pielęgniarek, rower czy jego elektryczna wersja może być efektywnym środkiem transportu, który ułatwia dojazdy do pacjentów, jednocześnie wspierając ekologiczny wizerunek. Tak więc takie wydatki na rower, podobnie jak niezbędne akcesoria (kask, odzież ochronna i in.), będą stanowiły KUP.
trwałego i rozpoczęcie amortyzacji. Rower należy wprowadzić do ewidencji środków trwałych według ceny zakupu i dokonywać odpisów amortyzacyjnych zgodnie z obowiązującymi stawkami. W praktyce pozwala to rozliczyć wydatek na rower w kosztach uzyskania przychodu w dłuższym okresie – proporcjonalnie do wartości początkowej oraz okresu użytkowania.
Koszty eksploatacji roweru, czyli np. ubezpieczenie (NNW, OC, casco), serwis czy zakup akcesoriów, również mogą stanowić KUP. Oczywiście pod warunkiem. że mają związek z działalnością gospodarczą. Przykładowo, składka ubezpieczeniowa na rower wprowadzony do ewidencji środków trwałych może być zaliczona w całości do kosztów. Podobnie sytuacja wygląda z naprawami, częściami zamiennymi czy przeglądami. Ważne, by nie rozliczać kosztów dotyczących roweru wykorzystywanego prywatnie – fiskus patrzy na to coraz bardziej rygorystycznie.
Równie ważnym zagadnieniem jest, które interesuje wielu przedsiębiorców, jest to, czy od zakupu roweru na firmę można odliczyć cały VAT? Odpowiedź brzmi: generalnie tak, ale pod pewnymi warunkami. Przede wszystkim rower musi być wykorzystywany do wykonywania czynności opodatkowanych VAT (np. dojazdy na spotkania z klientami, wyjazdy służbowe). Nie ma tu zastosowania ograniczenie odliczenia VAT do 50%, które dotyczy samochodów osobowych – rowery (w tym elektryczne) nie podlegają temu limitowi. Ponadto dla odliczenia istotne jest prawidłowe udokumentowanie zakupu fakturą z NIP-em i danymi firmy!
Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT, zwolnieniu podlegają usługi medyczne, o ile są świadczone przez podmioty lecznicze w ramach działalności leczniczej i mają na celu profilaktykę, zachowanie, ratowanie, przywracanie lub poprawę zdrowia. Analogicznie skonstruowano zwolnienie z VAT dla lekarzy, pielęgniarki i inne osoby wykonujące zawody medyczne określone w art. 43 ust. 1 pkt 19 ustawy o VAT. Zatem warunki są dwa – podmiotowy (świadczenie przez podmiot leczniczy lub osoby wykonujące zawody medyczne) i przedmiotowy (cel profilaktyczny lub leczniczy).
Być może mylę się ale „polskie zwolnienie z VAT tylko dla chorych” trafi do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE). Mimo, że już raz podobna kwestia była rozstrzygana przez TSUE. W szczególności organy podatkowe zdają się opierać na wyroku TSUE z 4 marca 2021 r. w sprawie C-581/19 (Frenetikexito-Unipessoal), który dotyczył coachingu żywieniowego. Trybunał stwierdził, że:



