Wydawałoby się, że podmioty lecznicze wykonują tylko usługi lecznicze zwolnione z VAT, więc temat odliczenia VAT przez szpital nie istnieje. To uproszczenie, w dodatku dość mylące. W zasadzie wszystkie szpitale wykonują zarówno czynności zwolnione oraz opodatkowane VAT. Muszą więc mieć określony sprzęt i zaplecze, aby w ogóle działać zgodnie z przepisami. Skoro tak, to pojawia się kolejne uproszczenie. Polega ono na na twierdzeniu, że w rezultacie VAT od takich wydatków ogólnych powinien przynajmniej częściowo podlegać odliczeniu. Wyrok TSUE z 19 marca 2026 r. w sprawie C-513/24, Oblastní nemocnice Kolín mówi co innego. Pokazuje, że taki skrót myślowy jest zbyt jednak daleko idący. Z jednej strony Trybunał nie powiedział, że odliczenie VAT przez szpital jest niemożliwe. Z drugiej strony powiedział coś bardziej subtelnego, ale w praktyce bardzo ważnego. Sam obowiązek regulacyjny posiadania sprzętu nie tworzy jeszcze automatycznie prawa do odliczenia VAT.
Odliczenie VAT przez szpital – co dokładnie rozstrzygnął TSUE

Sprawa dotyczyła czeskiego szpitala, którego podstawową działalnością były usługi zdrowotne zasadniczo zwolnione z VAT. Równocześnie wykonywał on także czynności opodatkowane, m.in. badania kliniczne produktów leczniczych, odpłatne zakwaterowanie osób towarzyszących pacjentom, staże medyczne, usługi sterylizacji narzędzi dla podmiotów trzecich, kursy prenatalne oraz niektóre badania diagnostyczne. Także trochę tych czynności opodatkowanych było. Szpital argumentował, że część wydatków na minimalne wyposażenie techniczne i materialne, wymagane do uzyskania licencji, powinna być traktowana jako koszt wspólny całej działalności. Zatem według szpitala powinna dawać prawo do częściowego odliczenia VAT według proporcji.
Pytanie prejudycjalne postawiono bardzo precyzyjnie. Mianowicie, czy towary i usługi stanowiące minimalne wyposażenie wymagane przez prawo krajowe dla placówki medycznej można uznać za koszty ogólne bezpośrednio i natychmiast związane z całą działalnością gospodarczą podatnika, a więc dające prawo do odliczenia części VAT. Odpowiedź Trybunału była negatywna w tej jednej, zasadniczej kwestii: nie można dojść do takiego wniosku wyłącznie dlatego, że prawo nakazuje podatnikowi posiadać dany sprzęt lub dane zaplecze. W oficjalnej formule przyjętej przez TSUE i przytoczonej przez czeski sąd odsyłający wskazano wprost, że sam ustawowy wymóg nie oznacza jeszcze, iż są to koszty ogólne, od których przysługuje proporcjonalne odliczenie VAT.</p>
To jest sedno tego wyroku. Nie wystarczy powiedzieć: „bez tego sprzętu szpital nie dostałby licencji, a bez licencji nie wykonywałby także usług opodatkowanych”. Taki łańcuch argumentacji okazał się dla TSUE zbyt ogólny. Trybunał odciął więc automatyzm polegający na utożsamieniu regulacyjnej konieczności z podatkowym prawem do odliczenia.
Najważniejsze nie brzmi: „nie”, tylko „sprawdź każdy wydatek osobno”
Jednocześnie ten wyrok wcale nie zamyka drogi do odliczenia. Wręcz przeciwnie: pokazuje, jak należy taką analizę przeprowadzić prawidłowo. Z materiałów publicznie dostępnych po wyroku wynika, że TSUE zaakcentował potrzebę oceny każdego składnika wyposażenia oddzielnie. Co ważne, z uwzględnieniem jego rzeczywistego lub zamierzonego wykorzystania. Jeżeli konkretny sprzęt jest lub byłby używany zarówno do działalności zwolnionej, jak i opodatkowanej, częściowe odliczenie może być zasadne. Jeżeli natomiast określony zakup służy wyłącznie czynnościom zwolnionym, prawa do odliczenia nie będzie.
To rozróżnienie ma duże znaczenie praktyczne. W wielu podmiotach leczniczych część wydatków rzeczywiście ma charakter „wspólny”. Niemniej nie każdy wydatek wspólny z perspektywy organizacyjnej jest automatycznie kosztem ogólnym w rozumieniu VAT. I właśnie tutaj zaczyna się najciekawsza część tego wyroku: TSUE wymusza analizę funkcjonalną, a nie wyłącznie formalną. Nie liczy się sama odpowiedź na pytanie, czy dany zakup był obowiązkowy. Liczy się to, czemu konkretnie miał służyć i jaką rolę odgrywa w strukturze działalności opodatkowanej i zwolnionej. To właśnie na tym etapie w praktyce rozstrzyga się, czy odliczenie VAT przez szpital jest zasadne.
Co z tego wynika dla polskich szpitali i innych podmiotów medycznych
Chciałbym, żeby z polskiej perspektywy był to praktyczny wyrok. Placówki medyczne wykonujące działalność mieszaną nie powinny opierać argumentacji wyłącznie na tym, że przepisy branżowe wymagają określonego wyposażenia. Taki argument może być jednym z elementów układanki, ale sam nie przesądza o prawie do odliczenia. Potrzebne będzie lepsze udokumentowanie funkcji danego zakupu, jego związku z konkretnymi świadczeniami opodatkowanymi albo z kosztami ogólnymi całej działalności.
W praktyce oznacza to konieczność bardziej starannego przyporządkowywania wydatków. Dla jednych zakupów właściwa będzie teza o związku bezpośrednim z czynnościami opodatkowanymi. Dla innych możliwa będzie obrona ich jako kosztów ogólnych. Jeszcze inne pozostaną poza prawem do odliczenia, bo będą związane wyłącznie z działalnością zwolnioną. Po wyroku C-513/24 trudniej będzie bronić szerokich, automatycznych modeli odliczenia. TSUE stwierdził wręcz: „(…) wyposażenie materialne i techniczne wydaje się na pierwszy rzut oka przeznaczone do świadczenia usług opieki zdrowotnej, a nie do świadczenia usług dodatkowych”. Ale jednocześnie łatwiej będzie budować bardziej precyzyjną, dowodową argumentację tam, gdzie rzeczywisty związek wydatków z działalnością opodatkowaną istnieje.
I chyba właśnie tak najlepiej czytać ten wyrok, czyli zgodnie za zasadą: szklanka jest do połowy pełna, a nie pusta. Zatem w wyrok TSUE nie oznacza zamknięcia drogi do odliczenia VAT przez szpital. Pozwala on raczej uporządkować zasady, na jakich takie odliczenie VAT przez szpital może być skutecznie bronione.
Problem zaczyna się wtedy, gdy taki pracownik działa dla zagranicznego podmiotu, który w Polsce nie ma siedziby. Pojawia się wtedy hasło: „zakład podatkowy” (czyli „permanent establishment”, PE). Po polsku brzmi niewinnie – „stała placówka”. W praktyce może jednak oznaczać obowiązek przypisania części przychodu tego zagranicznego podmiotu do polskiego zakładu. I, jak możesz się domyślić, obowiązek rozliczenia tego przychodu dla celów podatku CIT w Polsce. Dodatkowo, w tle często także pytania o VAT i ceny transferowe.
Sąd Administracyjny w Gliwicach w ustnym uzasadnieniu przychylił się do stanowiska spółki (wyrok z 25 lutego 2026 r.,
Sektor farmaceutyczny i wyrobów medycznych jest szczególnie narażony na praktyczne skutki sporów o zakład podatkowy. W tym segmencie zdarza mi się spotykać modele, w których:
W praktyce nie chodzi o sam nagłówek dokumentu, tylko o fakty. Jeżeli współpraca opisana jako „świadczenie usług w ramach działalności gospodarczej” ma cechy stosunku pracy to może pojawić się ryzyko, że ktoś uzna: to w istocie etat. Kiedy umowa B2B uzna, że to etat? W skrócie, gdy występuje podporządkowanie, praca w określonym czasie i miejscu, włączenie w organizację czy brak realnego ryzyka gospodarczego. Dodatkowo dochodzi o duże skomplikowanie przepisów. Istnieją różne przesłanki (na gruncie PIT, VAT czy ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców) prowadzenia działalności gospodarczej. Tym samym różne podejście organów (KAS, ZUS, PIP) do definicji prowadzenia działalności.
Z perspektywy szpitala, przychodni czy kliniki przekwalifikowanie B2B na etat to nie tylko „zmiana działu”, tylko realne konsekwencje finansowe i ryzyka formalne.



Historia, która stała się kanwą tego orzeczenia, może być dobrze znana wielu naszym czytelnikom. Wnioskodawczyni – po kilkudziesięciu latach prowadzenia działalności – zdecydowała się przejść na emeryturę. Zlikwidowała firmę, wykreśliła się z CEIDG i przekazała budynek, w którym prowadziła działalność (w tym przypadku hotel, ale analogia do przychodni, gabinetów czy aptek nasuwa się sama), do majątku prywatnego. Następnie rozpoczęła najem prywatny tej nieruchomości – w tym samym miejscu, jednak już jako osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej. Chciała potwierdzić w interpretacji indywidualnej, że przychody z najmu po likwidacji działalności może opodatkować
Sąd był innego zdania. Uchylił postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 25 maja 2025 r. (nr 0115-KDIT1.4011.9.2025.3.MK) odmawiające wydania interpretacji indywidualnej. Uznał, że organ podatkowy nie ma prawa ingerować w decyzje podatnika dotyczące własnego majątku, a samo przeniesienie mienia z działalności gospodarczej do majątku prywatnego nie jest jeszcze unikaniem opodatkowania. Ta historia może brzmieć znajomo dla wielu lekarzy, dentystów czy farmaceutów, którzy po przejściu na emeryturę zastanawiają się, co zrobić z przychodnią, gabinetem stomatologicznym czy apteką. Zakończenie działalności gospodarczej to naturalny etap aktywności każdego przedsiębiorcy. W praktyce wielu lekarzy decyduje się zachować lokal, w którym przez lata prowadzili praktykę, i wynajmować go innym medykom. Podobnie farmaceuci – kończą prowadzenie apteki, ale lokal pozostaje ich własnością.



